# Experiment_name: TF name, Cell type, ENCODE accession ID of the ChIP-seq dataset. # Num_sequences: total number of sequences from the ENCODE3 ChIP-seq optimal peak calls. Top 5000 are used for KMAC motif discovery. # Num_motifs: number of motifs discovered by KMAC, including primary motif (i.e. top ranking motif) and co-binding motifs. # Num_k-mers_in_primary_KSM: number of component k-mers in the primary KSM motif. # K_of_primary_KSM: length of k-mers (not including the gaps) in the primary KSM motif. #Experiment_name Num_sequences Num_motifs Num_k-mers_in_primary_KSM K_of_primary_KSM AGO1.K562.ENCFF836VRV 11428 19 101 8 ARID1B.K562.ENCFF225MPC 50204 21 90 8 ARID2.K562.ENCFF332ICQ 11835 26 220 8 ARID3A.GM12878.ENCFF027VZK 22506 21 34 8 ARID3A.HepG2.ENCFF002CTS 17622 24 486 9 ARID3A.K562.ENCFF002CVL 9026 19 312 8 ARID3A.MCF-7.ENCFF884RAO 1501 16 70 7 ARNT.HEK293T.ENCFF550UEU 5249 13 75 8 ARNT.HepG2.ENCFF808WQI 1235 6 104 10 ARNT.K562.ENCFF066VZJ 7914 21 92 7 ARNT.K562.ENCFF887FZZ 10656 22 83 7 ASH2L.GM12878.ENCFF917CXD 7356 17 225 8 ATF1.K562.ENCFF002CVM 14864 16 1059 8 ATF2.GM12878.ENCFF002CGO 23467 12 505 8 ATF2.GM12878.ENCFF127GYQ 19334 15 2276 9 ATF2.H1-hESC.ENCFF002CIR 5998 19 358 8 ATF2.HepG2.ENCFF079COS 59283 12 1836 9 ATF2.K562.ENCFF896CPF 40633 23 2436 9 ATF3.A549.ENCFF002CFG 6580 17 506 8 ATF3.GM12878.ENCFF002CGP 1677 13 275 8 ATF3.H1-hESC.ENCFF002CIS 4808 15 974 8 ATF3.HepG2.ENCFF002CKB 3291 16 496 8 ATF3.K562.ENCFF002CLN 16011 13 433 8 ATF3.K562.ENCFF002CVN 1233 10 72 8 ATF3.liver.ENCFF025OSU 22813 22 124 8 ATF3.liver.ENCFF776BLV 13674 22 285 8 ATM.HepG2.ENCFF950HDR 2086 11 73 7 BACH1.GM12878.ENCFF012JXJ 24251 21 95 8 BACH1.H1-hESC.ENCFF002CQP 11457 14 462 7 BACH1.K562.ENCFF002CVO 3806 15 494 8 BACH1.K562.ENCFF423EMU 4708 17 680 8 BATF.GM12878.ENCFF002CGQ 32427 16 1491 9 BCL11A.GM12878.ENCFF002CGR 17876 14 389 9 BCL11A.H1-hESC.ENCFF002CIT 2518 14 99 8 BCL3.A549.ENCFF002CFH 7740 14 340 8 BCL3.GM12878.ENCFF002CGS 15455 17 357 8 BCLAF1.GM12878.ENCFF002CGT 6114 20 197 8 BCLAF1.GM12878.ENCFF015YHT 2741 10 109 8 BCLAF1.HepG2.ENCFF052YIL 279 33 72 8 BCLAF1.K562.ENCFF002CLP 4444 20 91 8 BCLAF1.K562.ENCFF203EDM 2159 13 59 7 BCLAF1.K562.ENCFF462CPT 3223 21 51 8 BCOR.K562.ENCFF057ZUY 44533 24 337 9 BDP1.HeLa-S3.ENCFF002CRV 508 9 11 7 BDP1.K562.ENCFF002CVP 570 8 5 6 BHLHE40.A549.ENCFF002COC 3123 14 485 8 BHLHE40.GM12878.ENCFF002COK 13986 18 921 8 BHLHE40.GM12878.ENCFF095GMM 51867 21 196 7 BHLHE40.HEK293T.ENCFF785FBD 1056 5 12 7 BHLHE40.HepG2.ENCFF002CKC 2859 15 482 8 BHLHE40.HepG2.ENCFF002CTT 14628 14 1045 8 BHLHE40.IMR-90.ENCFF942FBW 29151 19 231 7 BHLHE40.K562.ENCFF002CVQ 22497 11 1262 8 BHLHE40.K562.ENCFF179NDS 27327 23 160 7 BMI1.GM12878.ENCFF809PXE 14082 21 116 8 BMI1.K562.ENCFF740BMT 2077 12 425 7 BMI1.MCF-7.ENCFF353CQJ 10309 20 601 8 BRCA1.GM12878.ENCFF002COL 551 6 103 7 BRCA1.H1-hESC.ENCFF002CQQ 2025 16 182 7 BRCA1.HeLa-S3.ENCFF002CRW 8114 18 491 8 BRCA1.HepG2.ENCFF002CTU 1497 9 147 7 BRCA1.K562.ENCFF549GMO 951 3 3 6 BRD4.H1-hESC.ENCFF401ZAR 660 3 5 7 BRD4.HepG2.ENCFF665CIR 4929 22 190 8 BRD4.K562.ENCFF714XHL 8192 22 39 7 BRF1.HeLa-S3.ENCFF002CRX 193 24 82 8 BRF1.K562.ENCFF002CVR 221 28 108 8 BRF2.HeLa-S3.ENCFF002CRY 303 34 61 8 BRF2.K562.ENCFF002CVS 1087 9 2 6 C11orf30.K562.ENCFF996ZGL 61206 20 376 8 CBFA2T2.K562.ENCFF642BNC 32296 19 297 8 CBFA2T3.K562.ENCFF993GXU 53515 27 347 8 CBFB.GM12878.ENCFF809BIO 15054 17 272 8 CBX1.HepG2.ENCFF321OLU 10574 22 179 8 CBX1.K562.ENCFF300ITN 9321 22 100 10 CBX2.A549.ENCFF070KLR 102 21 31 8 CBX2.H1-hESC.ENCFF826ZHM 15794 23 75 8 CBX3.GM12878.ENCFF141LEI 435 22 99 9 CBX3.H1-hESC.ENCFF382NSR 2662 28 52 7 CBX3.K562.ENCFF002CLQ 20723 25 139 8 CBX3.K562.ENCFF455TDM 26746 21 81 8 CBX5.GM12878.ENCFF420YHY 10803 19 129 8 CBX5.K562.ENCFF424QDH 4868 32 223 9 CBX8.A549.ENCFF744DTQ 2635 14 44 7 CBX8.H1-hESC.ENCFF485WCF 2777 11 38 7 CC2D1A.K562.ENCFF874QUM 26447 23 172 9 CCNT2.K562.ENCFF002CVU 20057 15 74 6 CDC5L.K562.ENCFF643TEZ 5690 20 162 8 CEBPB.A549.ENCFF002COD 38845 15 2371 9 CEBPB.GM12878.ENCFF002CGU 5786 19 381 8 CEBPB.GM12878.ENCFF340TLG 1958 17 400 8 CEBPB.H1-hESC.ENCFF002CQR 15557 14 885 8 CEBPB.HeLa-S3.ENCFF002CSA 61004 15 2138 9 CEBPB.HepG2.ENCFF002CKD 18125 16 2027 9 CEBPB.HepG2.ENCFF002CTV 18443 23 1366 8 CEBPB.HepG2.ENCFF002CTW 56629 23 2376 9 CEBPB.HepG2.ENCFF319IEF 51651 16 1245 9 CEBPB.IMR-90.ENCFF002CVG 70445 24 2207 9 CEBPB.K562.ENCFF002CLR 22240 19 1068 8 CEBPB.K562.ENCFF002CVV 38715 19 2085 9 CEBPD.HepG2.ENCFF002CKE 11433 22 808 8 CEBPZ.GM12878.ENCFF992ABC 1029 11 72 8 CEBPZ.K562.ENCFF680ONH 1012 12 73 8 CHAMP1.K562.ENCFF859FVX 14318 25 86 7 CHD1.A549.ENCFF203CYT 9646 23 173 8 CHD1.GM12878.ENCFF002CON 6668 16 99 8 CHD1.GM12878.ENCFF934VGQ 3997 21 46 8 CHD1.H1-hESC.ENCFF002CDR 7247 15 40 7 CHD1.H1-hESC.ENCFF002CQS 2191 13 5 7 CHD1.HeLa-S3.ENCFF604NHY 2384 11 37 7 CHD1.K562.ENCFF002CEK 9350 24 44 8 CHD1.MCF-7.ENCFF949BXY 8034 26 235 8 CHD2.GM12878.ENCFF002COO 15597 15 562 10 CHD2.H1-hESC.ENCFF002CQT 6849 15 195 7 CHD2.HeLa-S3.ENCFF002CSC 20500 12 751 10 CHD2.HepG2.ENCFF002CTX 5169 20 405 7 CHD2.K562.ENCFF002CVX 7797 16 576 8 CHD4.A549.ENCFF231RXA 3326 19 286 9 CHD4.GM12878.ENCFF499ZPP 1323 17 38 8 CHD4.HepG2.ENCFF069RNV 14835 22 96 8 CHD7.A549.ENCFF331UCZ 2433 20 25 8 CHD7.GM12878.ENCFF861BOG 306 30 111 8 COPS2.K562.ENCFF684MLP 123 32 43 8 COPS2.MCF-7.ENCFF755DGT 1048 7 4 6 CREB1.A549.ENCFF002CFI 15913 16 919 8 CREB1.MCF-7.ENCFF127RVQ 49610 18 429 8 CREB1.MCF-7.ENCFF445LQN 48730 19 426 8 CREB3L1.K562.ENCFF867IEZ 16677 21 236 8 CREM.GM12878.ENCFF534CKB 33161 22 70 8 CREM.HepG2.ENCFF693JHE 28896 27 176 8 CREM.K562.ENCFF948TXN 38796 22 140 9 CTBP1.HEK293T.ENCFF523NXP 8654 16 135 8 CTBP1.MCF-7.ENCFF077QTE 25674 19 88 7 CTBP2.H1-hESC.ENCFF002CQW 7089 17 270 9 CTCF.22Rv1.ENCFF030BPR 91175 27 63 8 CTCF.22Rv1.ENCFF259XYR 89643 25 115 8 CTCF.A549.ENCFF002CFJ 40841 14 1731 9 CTCF.A549.ENCFF002CFK 38133 11 2861 10 CTCF.A549.ENCFF002DAD 55351 12 2333 10 CTCF.A549.ENCFF002DBU 45732 13 2765 10 CTCF.astrocyte.ENCFF002CEW 38474 11 1772 10 CTCF.astrocyte-of-the-cerebellum.ENCFF002DCN 45591 14 2298 10 CTCF.astrocyte-of-the-spinal-cord.ENCFF002DCO 46546 12 2475 10 CTCF.BE2C.ENCFF002DCB 54655 15 2728 10 CTCF.BE2C.ENCFF965BBC 56747 12 243 9 CTCF.bipolar-spindle-neuron.ENCFF693PZH 58075 20 583 9 CTCF.brain-microvascular-endothelial-cell.ENCFF002DCP 58376 11 2697 10 CTCF.brain-microvascular-endothelial-cell.ENCFF065LHJ 61680 19 460 8 CTCF.bronchial-epithelial-cell.ENCFF002DDQ 42446 12 2752 10 CTCF.C4-2B.ENCFF658MKE 93802 18 41 7 CTCF.Caco-2.ENCFF002DCD 46852 12 1915 10 CTCF.cardiac-fibroblast.ENCFF002DCQ 41571 6 2633 10 CTCF.cardiac-muscle-cell.ENCFF002DCR 50703 10 2436 10 CTCF.choroid-plexus-epithelial-cell.ENCFF002DCS 61062 11 2742 10 CTCF.DND-41.ENCFF002CDN 50070 12 2704 10 CTCF.DOHH2.ENCFF421PBO 62013 20 50 8 CTCF.endothelial-cell-of-umbilical-vein.ENCFF002CEH 37412 9 2776 10 CTCF.endothelial-cell-of-umbilical-vein.ENCFF002DBA 44033 8 2474 10 CTCF.endothelial-cell-of-umbilical-vein.ENCFF002DDH 37920 11 2911 10 CTCF.epithelial-cell-of-esophagus.ENCFF002DCU 46226 18 1844 10 CTCF.epithelial-cell-of-prostate.ENCFF698WAX 106766 21 73 8 CTCF.epithelial-cell-of-proximal-tubule.ENCFF002DDP 58785 10 2712 10 CTCF.fibroblast-of-dermis.ENCFF002CEY 48995 14 1273 10 CTCF.fibroblast-of-gingiva.ENCFF002DBY 49675 12 2417 10 CTCF.fibroblast-of-lung.ENCFF002CFD 39537 14 2791 10 CTCF.fibroblast-of-lung.ENCFF002DBW 46500 14 1956 10 CTCF.fibroblast-of-lung.ENCFF002DDE 46150 11 2356 10 CTCF.fibroblast-of-lung.ENCFF002DDO 35446 10 2644 10 CTCF.fibroblast-of-mammary-gland.ENCFF002DDC 54171 12 1792 10 CTCF.fibroblast-of-pedal-digit-skin.ENCFF002DBX 43928 14 2763 10 CTCF.fibroblast-of-pulmonary-artery.ENCFF002DDD 56686 12 1921 10 CTCF.fibroblast-of-skin-of-abdomen.ENCFF002DBZ 47656 14 1863 10 CTCF.fibroblast-of-the-aortic-adventitia.ENCFF002DCA 45960 12 2394 10 CTCF.fibroblast-of-upper-leg-skin.ENCFF002DBV 50260 14 2747 10 CTCF.fibroblast-of-villous-mesenchyme.ENCFF002DDI 46460 10 1878 10 CTCF.foreskin-fibroblast.ENCFF002DCC 44668 8 2752 10 CTCF.foreskin-fibroblast.ENCFF002DCY 34889 14 2746 10 CTCF.foreskin-fibroblast.ENCFF002DDM 45920 15 2290 10 CTCF.foreskin-fibroblast.ENCFF337WIE 48000 19 306 9 CTCF.GM06990.ENCFF002DCE 45500 11 2593 10 CTCF.GM12801.ENCFF002DCF 2883 11 769 9 CTCF.GM12864.ENCFF002DCG 46798 12 2556 10 CTCF.GM12865.ENCFF002DCH 44069 12 2969 10 CTCF.GM12872.ENCFF002DCI 47151 13 2589 10 CTCF.GM12873.ENCFF002DCJ 51005 13 2605 10 CTCF.GM12874.ENCFF002DCK 37517 16 2587 10 CTCF.GM12875.ENCFF002DCL 39184 15 2686 10 CTCF.GM12875.ENCFF733YSO 40337 17 604 9 CTCF.GM12878.ENCFF002CDP 44982 11 1468 9 CTCF.GM12878.ENCFF002COQ 55551 14 2652 10 CTCF.GM12878.ENCFF002DAJ 48916 15 2762 10 CTCF.GM12878.ENCFF002DCM 40122 11 2616 10 CTCF.GM12878.ENCFF473RXY 41465 14 611 9 CTCF.GM12891.ENCFF002DAL 42632 16 2789 10 CTCF.GM12892.ENCFF002DAM 48306 14 2769 10 CTCF.GM19238.ENCFF002DAN 49938 14 2692 10 CTCF.GM19239.ENCFF002DAO 41085 11 2844 10 CTCF.GM19240.ENCFF002DAP 46036 13 2794 10 CTCF.GM23338.ENCFF765BRD 70873 22 53 7 CTCF.H1-hESC.ENCFF002CDS 66551 13 2415 10 CTCF.H1-hESC.ENCFF002CIU 54111 7 2168 10 CTCF.H1-hESC.ENCFF002DAR 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