[CORA_PATH] search --fs 32 -C 1111 --Mode ALL --Map [MAPPER_TYPE] --Exec [MAPPER_PATH] -R PAIRED --MinI 150 --MaxI 650 -O CORA_BWA_FIN1_All_Mapping_Output.sam -K HALF -L 108 --Metric HAMMING -E 2 [READ_FILE_LIST] [REFERENCE_GENOME] [EXACT_HOMOLOGY_TABLE] [INEXACT_HOMOLOGY_TABLE]